【2026年10月改定】在留資格の変更・更新手数料は誰が負担？特定技能の費用負担と届出

2026年10月1日から、在留資格の変更・更新手数料が大幅に引き上げられました。今回の改定では、永住許可の手数料も引き上げられています。

これまで特定技能外国人の在留資格変更・更新にかかる手数料を会社が負担していた場合、今回の改定をきっかけに、今後は本人負担に変更したいと考える企業もあるのではないでしょうか。

今回の手数料改定は、特定技能に限らず、ほかの在留資格の変更・更新にも適用されます。この記事では、改定内容を確認したうえで、特に特定技能外国人を受け入れる企業に焦点を当て、費用負担の原則や負担方法を変更する際の注意点を解説します。

また、外国人社員に長く安心して働いてもらうために、採用時から確認しておきたいことについても考えます。

1．2026年10月から在留資格の変更・更新手数料が改定

在留資格変更・更新の手数料はいくらになった？

2026年10月1日から、在留資格変更許可と在留期間更新許可の手数料が引き上げられました。

在留資格変更許可とは、現在の在留資格から別の在留資格に変更するための手続きです。一方、在留期間更新許可は、現在の在留資格のまま、引き続き日本に滞在するための手続きです。

改定前の在留資格変更許可・在留期間更新許可の手数料は、窓口申請で6,000円、オンライン申請で5,500円でした。

今回の改定後は、許可される在留期間によって金額が変わります。

※この表は在留資格変更許可・在留期間更新許可の手数料です。2026年10月1日以降に受け付けられた申請に適用されます。オンライン申請では、別途決済手数料がかかります。また、実際に認められる在留期間は在留資格によって異なります。

例えば、在留期間1年の更新許可を受ける場合、窓口申請の手数料は従来の6,000円から33,000円になりました。

特定技能外国人を複数名受け入れ、在留資格の変更・更新手数料を会社が負担している企業にとっては、大きな負担増となります。

なお、実際に納める手数料は、申請時に希望した在留期間ではなく、許可された在留期間に応じて決まります。

※永住許可の手数料は上の表とは別です。永住許可については、従来の10,000円から200,000円に引き上げられました。一定の要件を満たす場合には20,000円への減額措置があります。詳しくは、出入国在留管理庁「永住許可申請」をご確認ください。

2026年9月30日以前に申請した場合は？

新しい手数料が適用されるのは、2026年10月1日以降に受け付けられた申請です。

9月30日以前に申請が受け付けられていれば、許可が10月1日以降になった場合でも、改定前の手数料が適用されます。

また、在留資格の変更・更新と永住許可の手数料は、いずれも申請時ではなく、許可を受ける際に納付します。

オンライン申請の納付方法も変更

2026年10月1日以降に受け付けられたオンライン申請については、手数料の納付方法も変更されました。

従来の収入印紙による納付から、コンビニ決済または銀行決済による納付に変更されています。

また、オンライン申請では、法定手数料のほかに330円または550円の決済手数料がかかります。

詳しくは、出入国在留管理庁の手数料改定案内をご確認ください。

2．在留資格の変更・更新手数料は誰が負担する？｜特定技能の場合

手数料の引上げを受けて、改めて確認しておきたいのが「誰が費用を負担するのか」という点です。

ここでは、入管に納める変更・更新の手数料と、特定技能制度で必要となる支援費用について説明します。

在留資格変更・更新の手数料は本人負担が原則

出入国在留管理庁は、特定技能制度における主な費用と負担者を整理した資料で、在留資格変更・更新の手数料について、外国人本人が負担することを原則としています。

入管法第67条でも、許可を受ける外国人が手数料を納付する仕組みが定められています。

ただし、本人負担が原則だからといって、会社が変更・更新の手数料を負担してはいけないわけではありません。

会社が外国人社員のために費用を負担することもできます。

その場合は、会社と本人の間でどのような取決めがされているか、後述する支援計画に記載があるかなどを確認することが重要です。

参考：出入国在留管理庁「特定技能における主な費用とその負担者について」（PDF）

義務的支援と任意的支援の違い

特定技能1号では、受入企業は外国人が日本で安心して生活し、働くために必要な支援を行うことが求められています。

例えば、入国時の送迎や生活オリエンテーション、相談対応などです。

制度上、必ず行わなければならない支援を「義務的支援」といいます。

義務的支援の実施にかかる費用は、受入企業が負担しなければなりません。登録支援機関に支援を委託している場合、その委託費用も受入企業が負担します。

一方、企業が義務的支援に加えて独自に行う支援を「任意的支援」といいます。

ここで注意したいのは、任意的支援であっても、1号特定技能外国人支援計画に記載した場合には、その計画に従って支援を実施する義務が生じるという点です。

支援計画とは、外国人に対してどのような支援を行うかをまとめた書類で、在留資格の申請時に提出します。

例えば、会社が在留期間更新の手数料を負担することを任意的支援として支援計画に記載している場合、その計画があるにもかかわらず、本人に費用を負担させることは認められません。

そのため、今回の手数料改定をきっかけに本人負担への変更を検討する場合は、支援計画の記載内容も確認しておきましょう。

3．会社負担から本人負担に変更する際の注意点

採用時から費用負担について認識を合わせておく

在留資格申請に伴う費用については、会社と外国人本人のどちらが負担するのか、採用時から丁寧に説明し、双方で認識を合わせておくことが大切です。

特に、在留期間の更新は採用後も繰り返し必要となる手続きです。

採用時の申請費用だけでなく、将来の更新費用についても、あらかじめ取扱いを明確にしておくとよいでしょう。

例えば、会社が最初の在留資格変更の費用だけを負担するのか、その後の更新費用も負担するのかによって、本人が想定する費用は変わってきます。

会社側では「更新費用は本人負担のつもりだった」と考えていても、そのことが本人に伝わっているとは限りません。

費用負担は、会社と外国人社員の信頼関係にも関わる問題です。

会社がすべての費用を負担すればよいというものではありません。大切なのは、制度上のルールを踏まえたうえで、負担する費用の範囲や理由を丁寧に説明し、双方が共通認識を持つことです。

こうした説明やコミュニケーションの積み重ねは、外国人社員が安心して働ける環境づくりにつながります。

外国人材の定着を考えるうえでも、費用負担についての丁寧な説明は大切ではないでしょうか。

本人負担に変更する場合は、従来の取決めを確認する

今回の手数料改定を受けて、これまで会社が負担していた申請費用を本人負担へ変更したいと考える場合もあるでしょう。

その際は、まず従来の取決めを確認することが重要です。

具体的には、次のような点を確認します。

• 雇用契約書や雇用条件書に、費用負担についての定めがあるか
• 1号特定技能外国人支援計画に、会社負担の支援が記載されているか
• 採用時に本人へどのような説明をしていたか
• これまで実際に、どのような方法で費用を負担してきたか

同じ会社負担であっても、支援計画に定めていたのか、雇用契約で約束していたのか、特に明文化せずに負担していたのかによって、確認すべき点は異なります。

費用負担を変更する場合は、従来の取決めを確認したうえで、変更の理由や今後の取扱いを本人が理解できるように説明し、必要な合意や手続きを確認しましょう。

なお、本人が支払った申請費用を会社が手当として補填する場合や、退職時に費用を返還してもらう取決めを設ける場合には、労働関係法令上の注意も必要です。具体的な取扱いについては、社会保険労務士や弁護士等への確認をおすすめします。

4．費用負担を変更した場合、入管への届出は必要？

会社負担から本人負担への変更を検討する際、もう一つ確認しておきたいのが、出入国在留管理庁への届出です。

特定技能制度では、雇用契約や支援計画の内容を変更した場合、変更内容によっては入管への届出が必要になります。

変更・更新の手数料を誰が負担するか変えたからといって、必ず届出が必要になるわけではありません。一方で、届出が不要と一律に判断することもできません。

費用負担について、どのような取決めがされていたかを確認する必要があります。

特定技能雇用契約の変更届出

特定技能外国人の雇用契約について、届出の対象となる変更が生じた場合、受入企業は「特定技能雇用契約の変更に係る届出」を行う必要があります。

例えば、出入国在留管理庁の公式Q&Aでは、次のような変更について、届出が必要であると説明されています。

• 雇用条件書に記載された手当の支給を廃止する場合
• 給与から差し引く費用の項目を新たに設ける場合

一方、これまで会社が在留資格の変更・更新手数料を直接負担していたものを、今後は本人が直接支払うことにした場合は、必ずしも上記のケースと同じではありません。

雇用契約や雇用条件書の内容がどのように変更されるのかを確認し、届出の対象になるか判断する必要があります。

参考：出入国在留管理庁「特定技能所属機関からの随時届出に関するQ&A」（PDF）

1号特定技能外国人支援計画の変更届出

受入企業が作成した支援計画についても、支援内容などに変更があった場合には、原則として変更届出が必要になります。

例えば、支援計画に任意的支援として「在留期間更新の手数料を会社が負担する」と記載していた場合を考えてみましょう。

この会社負担を終了することは、計画に記載した支援内容の変更に当たると考えられます。

そのため、支援計画変更届の対象になると考えられますが、実際の届出要否については、計画の記載内容と変更内容を確認する必要があります。

また、変更した支援計画については、外国人本人が十分に理解できる言語で説明することも重要です。

届出が必要な場合は14日以内

特定技能雇用契約の変更届、1号特定技能外国人支援計画の変更届は、いずれも届出対象となる変更が生じた日から14日以内に提出する必要があります。

主な届出様式は次のとおりです。

届出を行うのは、外国人を受け入れている企業です。

ただし、変更・更新の手数料の負担方法を変更した場合の届出要否は、契約や支援計画の記載内容によって異なります。

判断に迷う場合は、変更前に関係書類を確認し、必要に応じて管轄の出入国在留管理官署や専門家に相談するとよいでしょう。

詳しくは、出入国在留管理庁「特定技能所属機関・登録支援機関による届出」をご確認ください。

5．まとめ｜費用負担を変更する前に確認しておきたいこと

2026年10月の手数料改定により、特定技能外国人を受け入れる企業にとって、在留資格の変更・更新にかかる費用負担はこれまで以上に重要な検討事項となりました。

特定技能外国人の在留資格変更・更新にかかる法定手数料は、本人負担が原則とされています。ただし、会社が負担することもできます。支援計画に記載した任意的支援については、それぞれ制度上のルールを守る必要があります。

また、会社負担から本人負担へ変更する場合は、雇用契約書・雇用条件書・支援計画などを確認し、入管への届出が必要かどうかも検討しましょう。

そして、制度上の手続きと同じくらい大切にしたいのが、外国人社員との認識合わせです。

費用をどちらが負担するかということ自体よりも、費用負担について内容や理由をきちんと伝え、企業と本人が共通認識を持つことが大切です。

採用時から費用負担について十分に説明しておくことをおすすめします。

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